poprzedzone jest wstępną selekcją roślin pod względem zdrowotnym, jak też pod kątem cech jakościowych. Stanowi to ogromną zaletę techniki in vitro, gwarantuje bowiem, że uzyskane sadzonki są „kopiami” (klonami) najlepszych osobników. Klonowanie polega na odcięciu odpowiednich fragmentów rośliny wyjściowej, np. łodygi czy liścia, i umieszczeniu ich na specjalnych podłożach stymulujących formowania nowych pędów.W cyklu 6-8 tygodni ich liczba zwiększa się kilkukrotnie, zatem efektywność rozmnażania jest wielokrotnie wyższa niż w warunkach naturalnych. W ciągu roku z jednej wyselekcjonowanej rośliny matecznej można uzyskać nawet kilka milionów osobników potomnych.